श्रद्धालुओं की सुविधाओं के लिए भेंट देने के लिए मंदिर में अलग-अलग व्यवस्थाएं की गई हैं, जिनमें ऑनलाइन सुविधा, कैश काउंटर सुविधा एवं दान पेटी भी मंदिर परिसर और अन्न क्षेत्र पर रखी गई हैं। इन सभी स्थानों पर मिलने वाली भेंट राशि को प्रतिदिन बैंक में जमा किया जाता है। इसी तरह महाकाल मंदिर के पूरे क्षेत्र में प्रबंध समिति द्वारा लगभग महाकाल मंदिर सहित मंदिर परिसर में बने अन्य मंदिर एवं अन्न क्षेत्र में कुल 110 दान पेटियां लगी हैं। यह सभी दान पेटियां प्रतिदिन खोली जाती हैं और इन दान पेटियों से निकलने वाले रुपये बैंक में जमा किए जाते हैं।
मंदिर प्रबंध समिति की ओर से दान पेटियों से निकलने वाली राशि को जमा करने के लिए तीन बैंकों को अधिकृत किया गया है। प्रबंध समिति द्वारा यह काम इंडियन बैंक, यूनियन बैंक एवं बैंक ऑफ़ इंडिया द्वारा किया जाता है। प्रतिदिन बैंक की ओर से 10 से 15 कर्मचारियों के साथ एक बैंक अधिकारी और इनके साथ मंदिर प्रबंध समिति के कर्मचारी और सुरक्षा गार्ड होते हैं। इनके द्वारा दान पेटी खोली जाती है और फिर एक स्थान पर सभी दान पेटियों से निकलने वाली राशि को जमा कर गिनती की जाती है। समिति द्वारा अधिकृत तीन बैंक 10-10 दिन तक दान पेटियों से निकलने वाली राशि की गिनती कर अपनी बैंक में जमा करती हैं और फिर मंदिर प्रबंध समिति द्वारा आवश्यकता अनुसार इन राशियों को निकाला जाता है।
